داکینگ مولکولی چیست؟   داکینگ مولکولی (Molecular Docking) یکی از روش‌های مهم در زیست‌محاسبات و شیمی محاسباتی است که برای پیش‌بینی نحوه‌ی برهم‌کنش بین دو یا چند مولکول استفاده می‌شود. در این روش، یک مولکول کوچک مانند لیگاند در برابر یک مولکول بزرگ‌تر مانند پروتئین، DNA یا RNA قرار می‌گیرد تا بهترین حالت اتصال میان آن‌ها شناسایی شود. نتیجه‌ی نهایی، مدلی از کمپلکس پروتئین–لیگاند است …

ادامه مطلب

  داکینگ مولکولی: نگاهی به قلب تپنده نرم‌افزارها (الگوریتم‌های جست‌وجو و امتیازدهی)   در بخش نخست از مجموعه‌ی «مبانی داکینگ مولکولی»، با مفهوم کلی داکینگ، اهداف آن و نقش این روش در طراحی دارو آشنا شدیم. دیدیم که داکینگ چگونه به‌عنوان ابزاری محاسباتی، امکان پیش‌بینی نحوه‌ی اتصال یک لیگاند به گیرنده‌ی زیستی را فراهم می‌کند. در این بخش، به دو مؤلفه‌ی اصلی در عملکرد نرم‌افزارهای داکینگ، یعنی الگوریتم‌های جست‌وجو (Search …

ادامه مطلب

داکینگ مولکولی (Molecular Docking) یکی از ابزارهای اصلی در طراحی دارو و مطالعات شیمی محاسباتی است. در میان نرم‌افزارهای موجود، AutoDock و AutoDock Vina از پرکاربردترین گزینه‌ها هستند. هر دو توسط گروه Olson Lab توسعه یافته‌اند و در بسیاری از مقالات علمی مورد استفاده قرار می‌گیرند. اما تفاوت این دو نرم‌افزار در چیست و کدام‌یک برای پروژه شما مناسب‌تر است؟   معرفی کوتاه AutoDock 4 نرم‌افزاری قدیمی و دقیق است …

ادامه مطلب

    مقدمه‌ای بر یکی از مهم‌ترین روش‌های شیمی محاسباتی   فرآیندهای زیستی و شیمیایی در مقیاس اتمی و نانومتری بسیار سریع و پیچیده‌اند. مشاهده‌ی مستقیم حرکت اتم‌ها و مولکول‌ها در آزمایشگاه معمولاً غیرممکن است و انجام آزمایش‌ها در شرایط گوناگون می‌تواند پرهزینه یا حتی غیرعملی باشد. در چنین شرایطی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics Simulation) به عنوان یکی از قدرتمندترین ابزارهای شیمی محاسباتی وارد عمل می‌شود. در این روش …

ادامه مطلب

فورس‌فیلد؛ قانون‌گذار نامرئی دنیای اتم‌ها   در بخش نخست این مجموعه، دیدیم که چگونه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) با حل عددی معادلات حرکت نیوتن، یک "جهان میکروسکوپی مجازی" می‌سازد و به ما اجازه می‌دهد تا حرکات پیچیده‌ی اتم‌ها و مولکول‌ها را در طول زمان دنبال کنیم. ما از مونت‌کارلو گفتیم و از این که MD چگونه پلی بین ساختار اتمی و خواص ماکروسکوپی می‌زند.   اما یک پرسش بنیادین، همچون …

ادامه مطلب

    در هنگام کار با GROMACS، به ویژه در مراحل آماده‌سازی توپولوژی و اجرای شبیه‌سازی، ممکن است با خطاهای متعددی مواجه شوید. این خطاها معمولاً به ناسازگاری توپولوژی/ساختار، تنظیمات نامناسب، یا ناپایداری سیستم برمی‌گردند. در این نوشته، پیام خطا، علت‌های فنی، روش تشخیص و راه حل پیشنهادی برای هر یک را به دقت بررسی می‌کنیم.   فهرست خطاها : خطای شماره ۱:  Residue 'XXX' not found in residue topology database …

ادامه مطلب