این دوره آموزشی به شرکت‌کنندگان، کمک می‌کند تا با بهره گیری از تکنیک‌های محاسباتی داکینگ مولکولی (Molecular Docking) و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics Simulation)، سیستم‌های زیستی و غیر زیستی را به‌طور دقیق مطالعه و تحلیل کنند.
داکینگ مولکولی روشی است که به پژوهشگران امکان می‌دهد کمپلکس تشکیل شده بین دو مولکول‌ و برهمکنش بین آن ها را بررسی کنند، در حالی که شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کمک می‌کند تا رفتار و حرکات اتم‌ها و مولکول‌ها را در طول زمان با جزئیات بیشتری بررسی کنند. این روش‌ها در زمینه های مختلفی مانند درک مکانیسم های مولکولی، طراحی دارو و بهبود عملکرد سیستم های زیستی کاربرد گسترده‌ای دارند.

سر فصل دوره:
- مقدمه ای بر کاربرد تکنیک های داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای مطالعه سیستم های زیستی و مروری بر تعدادی از مقالات چاپ شده در این زمینه
- آشنایی با انواع فایل های ساختاری پروتئین ها و لیگاندها

- آشنایی با دیتابیس های مهم برای دانلود ساختارهای پروتئین ها و لیگاندها

- مدلسازی ساختار پروتئین ها با استفاده از نرم افزار مدلر و سرور سوئیس مدل

- بهینه کردن ساختار لیگاندها با استفاده از نرم افزار گوسین
- معرفی سخت افزارهای مناسب برای نرم افزارهای محاسباتی و روش اسمبل کردن آن ها و آماده سازی سیستم محاسباتی

- آموزش راه اندازی و کار کردن با سیستم عامل لینوکس
- مقدمه ای بر مبانی داکینگ مولکولی

- آشنایی با نرم افزار آتوداک و روش نصب آن

- روش انجام داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار آتوداک در سیستم عامل های ویندوز و لینوکس

- روش انجام داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار آتوداک وینا

- روش غربالگری مجازی با استفاده از نرم افزار پایرکس

- روش های مختلف آنالیز نتایج حاصل از داکینگ

- مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی

- آشنایی با نرم افزار گرومکس شامل روش نصب، انواع فایل ها و انواع کامندها

- روش شبیه سازی پروتئين در آب با استفاده از نرم افزار گرومکس

- روش شبیه سازی کمپلکس پروتئين-لیگاند در آب با انواع فورس فیلدها، با استفاده از نرم افزار گرومکس

- روش تفسیر نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس

ویژگی‌های دوره:

- آموزش‌ها به‌صورت بسیار روان و گام‌به‌گام ارائه می‌شوند و حتی افرادی که هیچ پیش‌زمینه‌ای در این حوزه ندارند، می‌توانند به‌راحتی مطالب را فرا بگیرند.

- تمامی مفاهیم از سطح پایه به‌طور کامل و با جزئیات بیان می‌شوند تا شرکت‌کنندگان درک عمیقی از موضوعات پیدا کنند.

- مثال‌های عملی و کاربردی در طول دوره ارائه می‌شوند تا یادگیری را تسهیل کرده و مهارت‌های کاربردی را تقویت کنند.

مدرس: 

- دکتر نجمه فانی، پژوهشگر و مؤسس مرکز پژوهش‌های رایانه‌ای ایلیا  
مدارک تحصیلی:
- لیسانس شیمی محض از دانشگاه صنعتی شریف  
- کارشناسی ارشد و دکتری شیمی فیزیک از دانشگاه صنعتی اصفهان  

- گذراندن دو سال دوران پسادکتری به حمایت بنیاد ملی نخبگان و به میزبانی دانشگاه اصفهان
افتخارات:
- دارنده مدال برنز المپیاد شیمی کشوری  
- دانش‌آموخته ممتاز در دوران کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری  
- برگزیده حمایت تشویقی ستاد نانو  
-  کسب عنوان پژوهشگر برتر جوان در علوم پپتیدی و پروتئینی  
- دریافت کننده جایزه شهید چمران از بنیاد ملی نخبگان

سوابق علمی و حرفه ای:
- مؤلف و مشاور در بیش از صد مقاله ISI در زمینه ی داکینگ مولکولی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و مدلسازی پروتئین‌ها
- تأسیس مرکز پژوهش‌های رایانه‌ای ایلیا
- برگزاری کارگاه های آموزشی در دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی داخل و خارج از کشور

- راه‌اندازی سرورهای محاسباتی پرسرعت
- ارائه خدمات مشاوره‌ای تخصصی برای پروژه‌های تحقیقاتی