آماده‌سازی دقیق فایل‌های ساختاری، یکی از مراحل کلیدی در انجام شبیه‌سازی‌ها و محاسبات مولکولی است که تأثیر مستقیمی بر کیفیت نتایج دارد. در این دوره، شرکت‌کنندگان با انواع فایل‌های ساختاری، دیتابیس‌های مهم و روش‌های بهینه‌سازی ساختارها آشنا خواهند شد.  

سرفصل‌های دوره:
۱- آشنایی با انواع فایل‌های ساختاری 
   - معرفی فرمت‌های رایج فایل‌های ساختاری (مانند PDB، MOL2، SDF و ...)  
 

۲- آشنایی با دیتابیس‌های مهم برای دانلود ساختار پروتئین‌ها و لیگاندها
   -  RCSB: پایگاه داده ساختارهای پروتئینی  
   -  Zinc: پایگاه داده ترکیبات شیمیایی
   -  PubChem: پایگاه داده ترکیبات شیمیایی با اطلاعات گسترده  
   -  UniProt: پایگاه داده توالی‌ها و اطلاعات پروتئینی

۳- روش بهینه‌سازی ساختار لیگاندها با استفاده از نرم‌افزار گوسین (Gaussian) 
    

۴- آموزش انجام مدلسازی همولوژی برای پروتئین‌هایی که ساختار شناخته‌شده ندارند با استفاده از سرور سوئیس مدل (SWISS-MODEL) 
 

ویژگی‌های دوره:

- آموزش‌ها به‌صورت بسیار روان و گام‌به‌گام ارائه می‌شوند و حتی افرادی که هیچ پیش‌زمینه‌ای در این حوزه ندارند، می‌توانند به‌راحتی مطالب را فرا بگیرند.

- مثال‌های عملی و کاربردی در طول دوره ارائه می‌شوند تا یادگیری را تسهیل کرده و مهارت‌های کاربردی را تقویت کنند.

مدرس: 

- دکتر نجمه فانی، پژوهشگر و مؤسس مرکز پژوهش‌های رایانه‌ای ایلیا  
مدارک تحصیلی:
- لیسانس شیمی محض از دانشگاه صنعتی شریف  
- کارشناسی ارشد و دکتری شیمی فیزیک از دانشگاه صنعتی اصفهان  

- گذراندن دو سال دوران پسادکتری به حمایت بنیاد ملی نخبگان و به میزبانی دانشگاه اصفهان
افتخارات:
- دارنده مدال برنز المپیاد شیمی کشوری  
- دانش‌آموخته ممتاز در دوران کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری  
- برگزیده حمایت تشویقی ستاد نانو  
-  کسب عنوان پژوهشگر برتر جوان در علوم پپتیدی و پروتئینی  
- دریافت کننده جایزه شهید چمران از بنیاد ملی نخبگان

سوابق علمی و حرفه ای:
- مؤلف و مشاور در بیش از صد مقاله ISI در زمینه ی داکینگ مولکولی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و مدلسازی پروتئین‌ها
- تأسیس مرکز پژوهش‌های رایانه‌ای ایلیا
- برگزاری کارگاه های آموزشی در دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی داخل و خارج از کشور

- راه‌اندازی سرورهای محاسباتی پرسرعت
- ارائه خدمات مشاوره‌ای تخصصی برای پروژه‌های تحقیقاتی